1999-

Po najúspešnejšej sezóne v histórii klubu došlo k postupnému prebudovaniu tímu. Z mužstva postupne odišlo viacero opôr ako Peter Schmeichel, Denis Irwin, Ronny Johnsen, David Beckham, Nicky Butt, Andy Cole, Teddy Sheringham, Jaap Stam, Dwight Yorke a v roku 2005 aj Phillip Neville a Roy Keane. Na miesto nich prišli noví hráči ako Ruud van Nistelrooy, Rio Ferdinand, Cristiano Ronaldo, Gabriel Heinze, Wayne Rooney, Edwin van der Sar, Park Ji-Sung a začiatkom roka 2006 Nemanja Vidic a Patrice Evra. Viacerí hráči nesplnili očakávania do nich vkladané a v drese United pobudli len krátko- Fabien Barthez, Mark Bosnich, Kleberson, Juan Sebastian Veron, Diego Forlan, Eric Djemba-Djemba.

V sezóne 1999/2000 sa United podarilo získať titul po tretíkrát v rade a United bol len štvrtým tímom v histórii, ktorému sa to podarilo. United skončili sezónu s 18 bodovým náskokom pred Arsenalom. Na ďalší titul si United musel počkať do konca sezóny 2002/2003. Bol to vtedy 8. titul za posledných 11 rokov a nateraz je aj posledný, ktorý Manchester United získal.

Manchester United v rukách Malcoma Glazera.

Malcolm Glazer vlastnil akcie klubu od roku 2003, pravdepodobne však  už aj skôr. 26. septembra 2003 zvýšil svoj podiel na 3,17 % a vznikla mu povinnosť informovať o tom vedenie (túto povinnosť mal každý, kto vlastnil viac ako 3% akcií klubu) Odkedy United vstúpil na burzu boli viaceré špekulácie o možnom prevzatí klubu do jedných rúk. V októbri roka 2003 Glazer zvýšil svoj podiel na 8,93% a koncom novembra už mal 15% akcií klubu vo svojich rukách. Stretol sa s výkonným riaditeľom klubu Davidom Gillom aby mu predostrel svoje plány. Vo februári 2004 zvýšil podiel na 16,31%. a pripravoval sa na prevzatie klubu. Tento zámer konzultoval s Commerzbank. Ešte toho dňa stúpla cena akcií o 5% na celkovú hodnotu 741 miliónov libier. Napriek ďalšiemu zvýšeniu počtu akcií v jeho rukách, nebol najväčším akcionárom klubu.

4. októbra 2004 Manchester United potvrdil, že dostal ponuku na prevzatie klubu. Identitu potencionálneho kupca však vedenie neprezradilo. Glazerova snaha prevziať klub sa stretávala s obrovskou nevôľou fanúšikov a drobných akcionárov najmä kvôli hrozbe zadlženia klubu, keďže Glazer by potreboval zobrať obrovskú pôžičku na to, aby získal klub do vlastných rúk. Rôzne skupiny fanúšikov organizovali plány, ako prevzatiu klubu zabrániť. Na čele týchto snáh boli Independent Manchester United Supporters Association- IMUSA (Asociácia nezávislých fanúšikov Manchestru United)  a skupina drobných akcionárov- Shareholders United. Fanúšikovia organizovali viacero protestov, medzi inými aj okupovali ihrisko rezervného tímu na protest proti Glazerovi. Glazer napriek tomu stále zvyšoval počet akcií v jeho rukách. Poďla britského zákona zisk minimálne 30% akcií znamená automatickú ponuku na prevzatie. Vo februári 2005 Glazer ponuku na prevzatie klubu predložil. Napriek ďalším protestom v máji 2005 dosiahol dohodu s akcionármi J.P. McManusom a John Magnierom a získal ich 28,7 % podiel akcií. Pod kontrolou tak mal Glazer už celkovo 57% akcií. Ďalšie akcie získal od Harryho Dobsona a od niektorých ďalších drobných akcionárov. 71,8 % akcií bolo v rukách Malcoma Glazera. S vlastníctvom 75% akcií je spojená aj možnosť stiahnuť klub z burzy a to Glazer urobil 22. júna 2005. Glazer nakoniec získal takmer všetky akcie klubu(97,3%) a získal úplnu kontrolu nad Manchestrom United. S vlastníctvom takého percenta akcií je spojená automatická ponuka na odkúpenie zvyšných akcií. Od 28. júna je tak klub plne v rukách Malcolma Glazera. Celková hodnota, ktorú musel Glazer vynaložiť je závratných 1,47 miliardy libier!!!

Glazer do vedenia klubu nominoval svojich synov- Joela, Avrama a Bryana a zaplnili tak miesta po členoch vedenia, z ktorých viacerí rezignovali na protest proti tejto transakcii (napr. Sir Roy Gardner). Zámery Glazerovcov s klubom ostávajú nejasné. Cieľom pravdepodobne bude ešte viac spopularizovať klub v Ázii, kde má United veľa priaznivcov a v USA. Isté je, že Glazer musí splácať ročne 80 miliónov libier, lebo vyše polovicu prostriedkov na prevzatie klubu si požičal, čo môže spôsobovať veľké finančné problémy. Reakciou na prevzatie klubu bolo aj založenie FC United of Manchester nespokojnými priaznivcami. Klub hrá v 6. najvyššej súťaži (North West Counties League- Second Division).

Rok 2005 okrem prevzatia klubu Glazerom poznačilo aj viacero iných udalostí- 17.11.2005- odchod dlhoročného kapitána Roya Keana, 25.11- tragická smrť George Besta a neúspech v Lige Majstrov, keď klub sa nekvalifikoval prvýkrát za poslednú dekádu do vyraďovacej fázy Ligy majstrov a v skupine, ktorú mal bez problémov vyhrať- Benfica, Villareal, Lille skončil na zahanbujúcom poslednom mieste.